年3月，江宁将军祥厚悲叹：数千八旗精锐之士，竟这般被太平军诛杀，全军尽没。祥厚拒不投降，领军与太平军展开巷战，力战身死，系第三位遭太平军斩杀的封疆大吏。
在定都之战中，太平军历经40天，致使名清军覆灭，斩杀了3位封疆大吏以及南京城内近乎全部的文武要员，成功夺取南京，遂与清朝形成隔江对峙之势。
年2月，新年已过，号称达60万之众的太平军沿江而下，开启东征之旅。此时，太平军之中的精锐数量不多，除数千名广西老兵外，主要为6万来自湘南且加入了天地会、矿工等的武装人员，其余皆为家属。
六个月前，太平军于蓑衣渡中伏，南王冯云山捐躯，其进入湖南时兵马未及五千人。半载过后，太平军不仅重振雄风，且拥有了东征江南的实力，反观清军则毫无抵御之能。
太平军展开东征，咸丰皇帝惊惶失措，即刻急令各方兵马进行防堵。两江总督陆建瀛、安徽巡抚蒋文庆统率兵众增援上游，径直迎战太平军。琦善率领北方军团朝南进发，与向荣的追击军团协同作战，从两面夹攻，欲将太平军剿灭于长江中游。
三路清军前来应战，太平军的主帅杨秀清镇定自若、毫不慌乱，林凤祥、李开芳所率陆军战斗力颇强，加之罗大纲的水师协同配合，沿江东进，形成高屋建瓴之态，清军无力抵御。
武昌之战结束，清军患上“恐太症”。陆建瀛率领五千兵马屯驻九江，遭林凤祥正面击垮，旋即仓皇逃窜，连安庆都未踏入。
蒋文庆屯驻于安庆，在获悉陆建瀛逃离之后，便丧失了作战的决心。然而，身为封疆大吏、安徽巡抚的蒋文庆，碍于身份不便出逃，而是宣称自己外出搬请援兵，以此为借口脱身。
蒋文庆终究迟了一步，太平军在夺取九江之后，仅用6天便攻克安庆，并将其斩杀。至此，九江、安庆皆为太平军所得，然而均未分兵驻守，很快便放弃，清军随之入城。
陆建瀛抵达南京，江苏巡抚杨文定企图逃离，蓄意挑起“督抚矛盾”。杨文定佯装刚硬，声称要依托坚固城池与太平军展开决战，而后自己外出搬取救兵，借此脱逃。
陆建瀛洞悉杨文定的心思，知晓其意在使自己“赴死”，遂要求督抚共同留下，二人随即发生争执。杨文定全然不顾，因陆建瀛身为总督，理当留下。
两江总督与江苏巡抚仍在争执不休，林凤祥、李开芳、黄益芸已然杀至，分别屯驻于仪凤门、聚宝门。次日，罗大纲的水军亦抵达，封禁江面，着手攻城。
督抚争执，杨文定借机脱逃，以招募兵员之名奔往镇江，一去不返。江宁将军祥厚亦欲使陆建瀛充当挡箭牌，力主总督应留下统军御敌，而自身则匿于内城（满城）。
江宁将军乃清朝在南方驻防八旗的最高军事长官，其与总督级别相同。然而，当一同领衔向朝廷上奏时，江宁将军之名置于两江总督之前，以此彰显旗人的尊贵地位。
自清军入关起，八旗便驻扎于南京，兵丁达四千余人。若将家属计算在内，南京城中的旗人约有两万之众，其数量在燕京之后，乃是清军掌控江南的核心力量。
在南京城北，八旗、绿营以及团练武装人员共计余人。倘若坚守城池且齐心合力，太平军也难以即刻破城。然而，清军战斗力疲弱，文武要员之间纷争不断，且琦善、向荣袖手旁观，形势对于太平军颇为有利。
在林凤祥、李开芳发起进攻之前，陆建瀛将所有兵马调入城中，采取消极态度应对。于城外与太平军作战且造成一定伤亡的，是自发集结而成的数百名“米工”，他们凭借扁担与太平军拼杀。
这些“米工”战斗力颇强，然而陆建瀛却将好事破坏，不仅未予以支持，更是下令清军开炮袭击正在作战的“米工”，给太平军带来极大便利。
“米工”对清军心怀怨恨，遂抛弃扁担，纷纷归家。正因如此，林凤祥、李开芳能够泰然攻城，挖掘地道，并于仪凤门实施爆破，冲入城中。
太平军攻入城中，祥厚与霍隆武引领八旗兵退至内城，对绿营兵置之不理，两江总督陆建瀛身亡，外城遂为太平军所掌控。
太平军责令旗人归降，并给予其两日以作思量，祥厚予以回绝，八旗妇女亦纷纷登上满城，助力八旗抗敌。黄益芸、吉文元强力进攻，八旗渐感体力难支，内城失陷，数千八旗兵为太平军击毙，祥厚、霍隆武战死。
自武昌东进至攻克南京，太平军前后历时四十余日，行进速度甚为迅疾。此役，清军（含八旗）折损一万五千余人，向荣、琦善未敢参战，否则伤亡将更为惨重。
江宁将军祥厚、副都统霍隆武、提督福珠洪阿等八旗高级官员阵亡身死。安徽巡抚蒋文庆、两江总督陆建瀛、布政司祁宿藻、盐巡道涂文钧、粮道陈克让、知府魏亨逵、同知承恩、通判文荣、知县刘同缨、张行澍等人，或遭击毙，或自缢身亡。
在南京城中，主要的清朝官员近乎皆被太平军清除。此战过后，太平军士气愈发高昂，向荣、琦善两大军团皆不敢挑衅，太平军顺势东征，再度攻克镇江、扬州。
局势颇为有利，杨秀清却因胜利而迷失心智，觉得清军毫无抵抗之力。故而，杨秀清遣偏师北伐，令林凤祥、李开芳率两万兵马北上，致使这支精锐尽失，也对西征产生了影响。