明崇祯十七年（年）正月，李自成在西安称帝，建立“大顺”王朝。随后李自成率大*东进，一路克大同、宣府、居庸关，至三月十五抵达并包围了京师（北京）。三月十九，起义*破京师，李自成自德胜门进内城，直入皇宫内殿。同时，绝望之中的崇祯帝在随侍太监王承恩的陪伴下于煤山自缢身亡，明中枢*权至此覆灭。同时，明朝在淮河以北的统治也宣告结束。
京师失陷后，李自成大顺*权占据陕西甘肃以东、淮河以北、河南山东等地，张献忠占据四川及鄂西，清朝占据关外及漠南蒙古。而长江中下游及淮河以南、两广浙闽的广大区域，依旧控制在残存的明朝南方势力手中。于是，留都南京的明朝勋臣及文武官员决定拥立之前为躲避战乱而辗转于南方的明宗室近支成员，以延续国祚，并对抗李自成、张献忠起义*和关外的清*。
当年太祖皇帝朱元璋曾经拟定过皇室行为准则和承袭制度的规范标准——《皇明祖训》，其中对于帝位大统承袭有着“有嫡立嫡、无嫡立长”的规定，而当时神宗之后的直系继承人——光宗、熹宗、崇祯帝一系已经全部断绝（熹宗绝嗣，崇祯帝虽然有三个儿子，但是都失陷在北方地乱世中，生死不知，无法作为嫡子来南京承袭皇位）。所以南方的皇位只能从神宗其他儿子中去选择。
神宗的长子光宗一系已经断绝，次子朱常溆早夭，那么按照《皇明祖训》的规范，自当立神宗第三子福王朱常洵或者他的后人。朱常洵已经在崇祯崇祯十四年（年）正月在洛阳被李自成起义*处死，福世子朱由崧幸而逃脱，奔往怀庆府（河南沁阳）避难。崇祯十六年（年）五月，崇祯帝下诏，由朱由崧袭封福王。
崇祯十七年（年）正月，李自成于西安登基称帝，并亲率大*东征京师，意欲一举消灭明朝中枢*权。同时，他遣偏师向河南等地进攻，以策应主力进攻京师。怀庆府首当其冲，遭到农民*的进攻。避难于此地的朱由崧心惊胆战，只能继续逃亡，投奔就藩于卫辉府（河南卫辉）的堂叔潞王朱常淓。三月初四，卫辉也传来农民*进攻的警迅，朱常淓、朱由崧叔侄不敢久留，抛弃封国，往淮安府逃亡。三月十八日朱由崧抵达淮安，暂居在本地官员杜光绍的宅邸中。
三月二十九，农民*攻陷北京、崇祯帝在煤山自缢的惊天消息传到淮安。避难于此的朱由崧等宗室张皇失措、一时间不知如何是好。幸好此时留都南京及南方两淮、江浙、湖广、闽粤、云贵等地依旧在明朝南方官员的控制之下，逃难的宗室们尚未有衣食之忧。四月初，南京留守诸臣都认为国家不可一日无君，所以开始商议拥立新主，以稳定南方人心。但各派势力之间对帝位归属意见不一，相互抵制，多次论战，也不能决定最终的人选。
按照太祖在开国之初所设立的《皇明祖训》规定：兄终弟及、父死子继，有嫡立嫡、无嫡立长按此顺序，因光宗、熹宗、崇祯帝一系已经断绝（崇祯帝皇子皆失陷在北方，无法继位），所以此时皇位的第一人选应当为神宗在世最长的孙子福王朱由崧；但掌握了南京部分权力的东林*钱谦益、吕大器、高弘图等人由于在之前万历年间的“国本之争”事件中，和福恭王（即朱由崧之父朱常洵）有过尖锐矛盾，导致对福藩一系一直心存芥蒂，同时也怕福王朱由崧登基后会因为当年的“争储”事件而报复东林*众，于是改变当年“国本之争”中的“立嫡立长”原则，违心地提出“立贤”立场，想借机拥立神宗之弟潞简王朱翊镠之子潞王朱常淓为新君。
（讽刺的是，当年东林*的前辈们，正是坚决反对神宗“立贤”、抵制了皇帝想越过长子改立第三子的企图，以“有嫡立嫡、无嫡立长”的祖训，对抗神宗近二十年，最终迫使神宗放弃易储主张，立长子朱常洛为储君。想不到三十年后，这些东林后辈们，为了自身的利益，和*争的成败，居然自己打脸，推翻前辈们的努力，堂而皇之地改变立场，其*治节操可见一斑。）。
而此时南京诸臣中权力最大的南京兵部尚书、同属东林*人的史可法到底节操稍高，做不出自打耳光的事情，但是他也不想拥立和自己这一*有过节的福藩宗室，于是提出既立贤、也立亲，不选择福王，也不选择潞王，而是以神宗第七子桂王朱常瀛为新君，这样勉强可以平息各方意见。但是他一个人无法改变大大局，南京城中各方势力吵闹了一个月，也没有最终确定新君人选。而此时北方的局势再起变化：进京的李自成在讨伐占据山海关、据不投降的宁远团练总兵吴三桂时，被暗中向清*求援的吴三桂联合入关清*击败于一片石，惨败回京，清*夺取了北方主动权，即将大举入关。
在这种严峻局面下，朱由崧决定先下手为强，他秘密联络原总督京营太监、现凤阳守备太监卢九德（原先服侍过福恭王朱常洵），并通过他向驻守江北的三镇武将求助（徐州高杰、滁州*得功、寿州刘良佐）。三镇武将囿于可以立下“定策从龙”的大功，于是立即同意了福王的主动求援请求，甩开他们名义上的统帅——凤阳总督马士英，决定出兵以武力支持福王赴南京登基，自己也好以此功成为定策元勋。
福王主动拉拢武将、意欲武力登基的消息传到南京后，正在和史可法讨价还价的马士英立即做出了选择，以文臣的身份第一个向福王输诚，表明愿意支持福王继位。随即马士英通知江北最后一镇武将：淮安刘泽清，让他率大*护送暂居淮安的福王朱由崧来南京。南京各方势力没有料到福王主动出击、拉拢了江北四镇武将及凤阳总督、守备太监，一举确立了继位优势。大势所趋之下，钱谦益、史可法等东林*人也只好满心不甘地接受福王即将登基这个现实。
崇祯十七年（年）四月二十六，南京文武官员议定：以福王继统，然后将结果祭告太庙。得到消息的凤阳总督马士英当即率江北四镇*得功、高杰、刘良佐、刘泽清将福王朱由崧从淮安接到*中，连夜南下。四月二十七，福王抵达仪征，南京礼部官员提前等候于此，举行仪式迎接福王。.四月二十八，福王朱由崧到达浦口，勋臣魏国公徐弘基等人渡江迎驾。.五月初一，福王朱拜谒孝陵、懿文太子陵，随后经朝阳门入南京。五月初三，福王自大明门入皇宫，至武英殿行监国礼。就在这一天，北方的吴三桂引清摄*王多尔衮并清*进入京师。
崇祯十七年（年）五月十五，福王朱由崧正式即皇帝位，以明年为弘光元年，依旧用“大明”为国号，这就是南明的开端。朱由崧即南明第一代皇帝——弘光帝。
弘光帝是依靠江北四镇武将的支持即位的，所以成为皇帝后对于支持自己的四镇大肆封赏、极度笼络。而诸镇则自以为“天子恩人”、“从龙元勋”，各自飞扬跋扈、割据地方，南明地方官员无法控制他们的*队，武将势力自此开始尾大不掉，*阀自立的局面逐渐形成。
而掌握中枢朝廷实权的马士英等则利用弘光帝的信任，使用手中的权力，谋取私利、打击*敌，东林*人则不甘就此落败，时刻策划攻击马士英等人。自崇祯十七年底至弘光元年三月，南明朝廷先后发生“大悲案”、“南太子案”、“童妃案”，这些都是弘光朝内部为了打击*敌、夺取权力的内部争斗，连续发生的内斗使得弘光朝的凝聚力严重削弱、君臣离心离德、为将来的覆亡埋下了伏笔。
南明弘光元年、清顺治元年（年）三月，因为“南太子案”中的疑云密布、及朝堂内斗，驻守武昌的南明宁南侯左良玉受人说动，自称奉“太子密诏”，从武昌顺流而下，号称“救太子、诛奸臣”，威逼南京。弘光帝则抽调江北四镇兵力抵御，导致淮河沿岸兵力不足。清*则抓住南明防守空虚的机会南下，不到一个月，清*连续攻破徐州、归德、颍州、太和、泗州等地，渡过淮河，兵临扬州。四月二十五，清*击败驻守扬州的南明兵部尚书史可法，攻破扬州，扬州百姓死难八十万，史称“扬州十日”。随后清*渡过长江，攻克京口、镇江。五月初十，一筹莫展的弘光帝弃守南京，出奔芜湖，投奔守将靖国公*得功。
南明弘光元年、清顺治二年（年）五月二十二，*得功在与清*作战时受重伤，不愿投降而自刎而死。弘光帝被*得功的手下总兵田雄、马得功劫持，并献给追击而至的清兵。至此。在位不过一年的弘光帝被清*擒获，失去了皇位。九月，弘光帝被押至北京，安置居住。
南明隆武二年、清顺治三年（年）四月初九，清摄*王多尔衮得到密报，称故明衡王、荆王在京居住期间想起兵反清，于是下令将俘获的故明宗室一律处死。五月，弘光帝朱由崧与潞王朱常淓、荆王朱慈煃、德王朱由栎、衡王朱由棷以及“南太子”王之明等十七人被清*斩首于菜市口，年四十岁。朱由崧被杀后，其妃*氏之弟*盐梅收敛其遗体，安葬于河南孟津县东山头村，与*妃合葬。
南明永历十一年、清顺治十四年（年）四月，南明最后一任皇帝永历帝朱由榔给堂兄上庙号安宗，谥号奉天遵道宽和静穆修文布武温恭仁孝简皇帝。朱由崧身后总算得到了一定的皇帝待遇。
南明弘光元年、清顺治二年（年）六月，弘光帝被俘后，潞王朱常淓在群臣拥戴下于杭州监国，不过短短六天后，清*抵达杭州，朱常淓不做抵抗，开城投降。九月间与弘光帝一同被押往北京。
南明弘光元年、清顺治二年（年）六月，在弘光帝被俘、潞监国投降的局面下，明唐藩宗室、前唐王朱聿键在大臣南安伯郑芝龙、巡抚都御史张肯堂、礼部尚书*道周等的拥戴下，于福州即皇帝位，改当年为隆武元年，这就是南明第二代皇帝——隆武帝。
隆武帝登基后给已被清*俘获的弘光帝朱由崧上尊号为圣安皇帝，以此证明自己继位的合法性。但是在弘光帝被俘后，明鲁藩宗室、鲁王朱以海也被郑遵谦、张国维等大臣拥立为监国，继立于绍兴府。隆武帝和鲁监国两方之间一直为谁才是大明正统而争论不休、互相攻讦，这就造成了南明*权内讧持续加重。
隆武帝朱聿键是明太祖第九世孙、太祖第二十三子唐定王朱桱的后裔，论辈分是崇祯帝朱由检、弘光帝朱由崧的祖父辈，和大明帝系血缘关系非常遥远，如果在太平时节，根本不会有继位的可能。在他小的时候，因为父亲唐世子朱器墭不受祖父唐端王朱硕熿的喜爱，导致父子皆被唐端王朱硕熿囚禁在王府承奉司长达十六年时间，期间几乎饿死。在此期间，朱聿键没有沉沦，而是埋头苦读，钻研儒家典籍，一点也没有虚度光阴。
崇祯二年（年），唐端王病重，唐世子朱器墭有望继位，但是被觊觎储位的庶弟们暗中*死，唐端王竟然不加追究，还想乘势立*死兄长的庶子福山王朱器塽为嗣。幸好唐藩所在的南阳地方官员陈奇瑜上门吊唁唐世子时发现事情蹊跷，于是警告唐端王，说世子死因不明，现在又要贸然改变承袭人选，一旦朝廷追究下来，唐藩必将遭受严惩。唐端王本来已经病入膏肓，时日无多，又害怕朝廷真的怪罪，于是放弃更立世子，而是将世子的长子、二十八岁的朱聿键立为“世孙”，作为唐藩继承人。当年，唐端王朱硕熿薨逝，唐世孙朱聿键在三年守孝欺瞒后，于崇祯五年（年）正式继任唐王。
朱聿键就任唐王后，因为少年时的坎坷历程、以及多年的研习典籍，对于天下局势和民间疾苦十分了解，他没有和其他宗室藩王那样骄奢享乐、纵情声色，而是延请四方名士、豪杰到唐王府内，和他们一起研修儒学、探讨局势，又主动拿出唐藩禄米钱粮，用于修筑南阳城池，救济当地灾民，在当时的宗藩中表现称得上鹤立鸡群，但同时也过于锋芒毕露，遭到了朝廷和崇祯帝的猜忌。
崇祯九年（年）八月，清*第三次破关入明，在北直隶等地四处攻伐，崇祯帝下诏调遣天下文武勤王，但这里面不包括宗室藩王。
忧心国事的唐王朱聿键报国心切，主动上疏请求领兵勤王，崇祯帝自然不许。但朱聿键满心热血，竟然不顾自成祖以来“藩王不掌兵”的祖训，擅自在南阳招募*士，组成唐藩护*，共计数千人，然后北上勤王。唐王出兵的消息传到京师后，满朝震惊，崇祯帝大怒，严令其返回封地。朱聿键只得奉诏南返。
崇祯九年（年）十一月，清*北返出关，暂时消除了清*威胁的崇祯帝得以腾出手来处理私自出兵、违反祖制的唐王朱聿键。经过朝议，崇祯帝下诏废黜朱聿键为庶人，发封凤阳高墙关押，唐藩爵位由其弟朱聿鏼承袭。
自崇祯九年至崇祯十七年，朱聿键被关押在凤阳八年，饱受监守太监欺凌，几乎被折磨致死，后来在凤阳巡抚路振飞的关照下，才稍稍得以改变处境。崇祯十六年（年），南阳被农民起义*攻克，唐王朱聿鏼及大批唐藩宗室被杀，朱聿键的两个弟弟朱聿鐭、朱聿锷乘乱逃出，流亡于南直隶。
崇祯十七年（年）五月，崇祯帝在京师自缢殉国后，弘光帝被江南群臣拥立为新帝，承袭大统。在封凤阳高墙的朱聿键则在广昌伯刘良佐（四镇之一，驻守凤阳）的奏请下，开释出监，并复封为南阳王，迁往广西平乐府（桂林南）居住。不过朱聿键有病且无所积蓄，不能立即前行。
南明弘光元年、清顺治二年（年）六月，就在朱聿键启程前往平乐府途中时，清*南下，弘光帝仓惶出逃，然后被俘，监国于杭州的潞王朱常淓也随后投降，南明一时无主，且世宗以下皇室近支宗室基本全部断绝（仅存神宗第七子桂王朱常瀛及诸子，但是远在广西，不能前来继位）。于是，在福建地方实力派南安伯郑芝龙、礼部尚书*道周、都御史张肯堂等人的拥戴下，属于宗室远支的朱聿键被拥戴为新帝，于闰六月二十七继位于福州，并改弘光元年七月初一以后为隆武元年。这一年，隆武帝朱聿键已经四十三岁了，而他之前两次被囚禁的时间加起来，超过了二十四年。
隆武帝继位后，很有平复天下的决心，也一心恢复社稷，为此他大力采取整*措施、并消除*争、整顿吏治，以求积蓄力量，出兵北伐，匡复大明。史料也称隆武帝“积极进取、锐意恢复、颇有中兴之主气概”。但是隆武朝廷实际权力统统掌握在以郑芝龙为首的郑氏集团手中，隆武帝本人虽然英明睿智，但是无兵无权，只是郑氏所供奉的一个的*治牌位而已、形同傀儡。隆武*权也要面对内部鲁监国的内斗、外部清*的压力、及郑氏集团和其他官员鄂争权夺利斗争，南明内讧的传统在隆武*权内部丝毫没有减轻迹象。
南明隆武二年、清顺治三年（年），清*趁鲁监国和隆武帝之间内讧的机会，于五月间出兵南侵，首先击败鲁监国*队，迫使鲁王弃守绍兴，躲避于舟山。然后大*直扑福建而来，另外分兵攻取江西，准备截断福建和内陆地区的联系。隆武帝诏令大学士*道周外出募兵，抵抗清*，但是郑芝龙等不予援助，导致*道周所部孤*迎战清*，被清*击败，*道周被俘后宁死不降，在押送南京后不屈殉国。
隆武帝在清*即将来袭的危急时刻，决心就此摆脱郑芝龙集团的控制，逃离福建。郑芝龙见隆武帝即将不受自己控制，于是密令福建北部驻守*队放弃防守，撤回南方老巢安平镇（晋江安海镇），清*得以从仙霞关、分水关等地侵入福建，直逼福州。隆武帝闻讯后，从福州抵达延平（福建南平），准备离开福建，经江西前往湖广。
南明隆武二年、清顺治三年（年）八月二十一，在延平的隆武帝被清*李成栋部追击，急忙离开延平，前往汀州（福建长汀）。八月二十八，隆武帝一行抵达汀州，在城外关帝庙休息时，清兵追至，护卫将*周之藩、熊纬等奋力断后，隆武帝及其家眷等才能逃脱，周之藩、熊纬等人随后战死。
而隆武帝刚刚入汀州城、暂居于府衙之时，清*又尾随而来，直入无人防守的汀州城，最终在府衙之中追上隆武帝，将其与皇后曾氏、皇太子朱琳源三人全部杀害（也有说法是隆武帝被俘，然后绝食而死）。
南明永历十一年、清顺治十四年（年），隆武帝的远房族孙永历帝朱由榔为其上谥号为配天至道弘毅肃穆思文烈武敏仁广孝襄皇帝，庙号绍宗。
作为南明最有恢复之心、最有作为的皇帝，隆武帝自即位至被害，在位一年另两个月，时年四十四岁。他的一生，确实是悲催而生不逢时。
南明隆武二年、清顺治三年（年）十月，隆武帝在汀州被害已经两个月，隆武*权也基本覆灭。国不可一日无君，在两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜、广西巡按王化澄、吏部左侍郎吕大器等文臣的拥戴下，神宗此时唯一的孙子、桂端王朱常瀛的第四子桂王朱由榔在肇庆府就任监国，但是十月十六赣州失陷，桂王唯恐重蹈隆武帝覆辙，于是弃守肇庆，逃往广西梧州。
十一月初二，自海路逃往广州的隆武帝之弟、嗣唐王朱聿鐭被留守广东的隆武帝大学士苏观生会同大学士何吾驺、广东布*使顾元镜、吏部侍郎王应华、兵部曾道唯等拥立为监国。十一月初五，四十一岁的朱聿鐭按兄终弟及的原则，继承隆武帝之位，登基称帝，以明年为绍武元年。这就是南明第三代皇帝——绍武帝。
十一月十八，得到绍武帝登基消息的桂王朱由榔在东返肇庆八天后也在丁魁楚、瞿式耜等人的支持下宣布登基，改明年为永历元年，这就是南明第四代、也是最后一代皇帝——永历帝。
永历帝登基后，以自己是神宗皇帝唯一孙子的身份，号令绍武帝退位归藩。绍武*权自然不肯就范，双方又开始了新一轮地内讧。十一月二十九，为了争夺正统，双方在广东三水以西展开交战，绍武*权先败后胜，大破永历*权*队，得到获胜消息的绍武帝及其首辅苏观生喜不自禁，命令在广州张灯结彩、粉饰太平。
就在南明残余势力展开内讧、消耗最后的实力同时，清*佟养甲、李成栋部已经攻占潮州、惠州，直逼广州，沿途收降南明地方官员，并用当地官府的印信伪造平安文书递交广州绍武*权，以麻痹其君臣。
南明隆武二年、清顺治三年（年）十二月十五，李成栋部抵达广州近郊，然后派三百人乔装打扮混入广州，于闹市间突然脱去伪装，露出清*服饰，一面大喊“清*已到！”，一面四处砍杀，广州城顿时大乱，清*趁乱夺取城门，城外大*随即杀入。
绍武帝和苏观生君臣正在国子监视察，突然闻报清*入城，还以为是谎报，后来得知消息属实，急忙调兵迎战。但是绍武*权主力都在三水前线和永历*权作战，无法回师救援，而城内宿卫*队一时也召集不全，不能抵抗，这样，广州城在莫名其妙中失陷。
广州陷落后，首辅苏观生自缢，绍武帝则想趁乱化妆成乞丐逃出城外，但是被清*认出，抓获后囚禁于广州府衙。李成栋没有立即杀害绍武帝，还送食物饮水给他。不过之前几乎一无是处的绍武帝在这个时候倒是表现出了骨气，不吃也不喝，并说：“我若饮汝一勺水，何以见先人于地下！”当晚趁守兵不备，绍武帝在监室用衣带自缢而死，也算为国殉节了。
广州失陷、绍武帝殉国后，南明正统之争终于告一段落，永历帝朱由榔在名义上成为南明残余势力的共主（除了在郑彩、张名振等人支持下、退居舟山，拒不去除监国称号的鲁王朱以海势力之外），但此时南明*权已经日薄西山，行将崩溃。永历帝在之后的日子里四处逃窜，躲避清*追杀，狼狈不堪。
南明永历元年、清顺治四年(年），永历帝先后从肇庆逃奔梧州，又从梧州逃奔桂林、全州，最后经靖州抵达武冈，驻跸于此，改武冈为奉天府。但是在武冈的时候，永历帝几乎被当地守将刘承胤暗中勾结清*擒获，慌乱中逃出城，直奔柳州，才避免被俘，但随行的财物金帛都被柳州土司劫掠一空。幸好李自成大顺*余部此时主动与永历帝取得联系，并归附南明，使得南明*权获得外部助力。十二月，永历帝在大顺*余部郝摇旗的护卫下，自柳州抵达桂林。
南明永历二年、清顺治五年（年），清*内部因争夺权力导致内讧，原清*将领江西提督金声桓、广东提督李成栋、广西巡抚耿献忠、大同总兵姜镶等先后宣布回归明朝，永历*权名义上控制的疆域扩展为云贵、两广、湖南、江西四川等地，北方山陕、甘肃一部也归附南明，再加上保有福建和浙江等地的鲁监国部及郑氏集团中举起反清旗号的郑成功部，南明势力大涨，局面一度大好。
但此时南明*权一直以来都存在的内讧传统再一次显现，永历*权以正统自居，鄙视并猜忌归附的大顺*余部，对于反正的金声桓、李成栋等人也不信任，各派势力相互攻讦，所以内部矛盾依旧严重，非正统势力倍受排挤打击，永历*权上下不能团结一致，清*得以从容调兵，以各个击破。
南明永历三年、清顺治六年（年）正月，清*主力围攻南昌并破城，南明南昌守将金声桓自杀，同一天，南明湖南守将、大学士何腾蛟在湘潭被俘，六天后被杀害于长沙。三月初一，援救江西的南明广东守将李成栋在江西信丰与清*交战失利，撤退途中溺死河中。好不容易归附的湖南、江西等地全部失去。
南明永历四年、清顺治六年（年）正月，广西也在清*的攻击中大部失陷，大臣瞿式耜，张同敞在桂林被清将孔有德俘获，不屈被杀。南明*权疆域退缩到云贵及四川南部一带，原先获得的土地全部失去。
南明永历五年、清顺治七年（年），原张献忠大西*余部也加入了南明*权，永历帝封其首领孙可望为秦王、李定国为晋王，以示联合抗敌之意。孙可望将永历帝安置到安龙府（今贵州安龙县）居住，实际是被软禁于此。逃亡多年后，永历帝终于过上了虽然不自由但是却安稳平静的生活。
南明永历七年、清顺治九年（年），以大西*余部为主力的南明*队发动反击，先后取得桂林大捷、衡阳大捷，击毙清定南王孔有德、敬谨亲王尼堪，收复了湖南、广西、川南等地，清廷震动，几乎要割南方七省和南明议和（云、贵、粤、桂、湘、赣、闽）。但是南明的内讧传统又一次显现，孙可望嫉妒李定国的大功，逼走李定国远赴广东，导致大好局面功亏一篑。
南明永历八年、清顺治十一年（年），野心膨胀的孙可望欲自立为帝，因此和坚持拥立永历帝的李定国产生矛盾，孙可望欲杀李定国。永历九年（年），李定国出兵安龙府，把永历帝从孙可望势力中解救出来，护送到云南昆明府居住。孙可望大怒，和李定国断绝往来。南明永历十一年、清顺治十四年（年）八月，孙李两*在于曲靖交水河畔交战，孙可望所部大部分都不愿意和李定国交战，纷纷阵前倒戈，孙可望只得狼狈地率数十人逃走。之后孙可望势穷，向清*投降，受封义王。然后孙可望将南明内部情况和*事部署统统告知清朝，使得清*在后续作战中探究到南明*权的虚实，接连击败明*，攻陷湖南、贵州、四川各地。
南明永历十二年、清顺治十五年（年），清*兵分三路，攻入南明最后的疆域云南，李定国势单力薄，抵挡不住，只得奉永历帝撤退，云南沦陷。南明永历十三年、清顺治十六年（年），李定国在永昌（云南保山）发动了自己一生中最后一次大规模战役——磨盘山战役，和清*吴三桂部两败俱伤，清*因此不敢继续尾追，永历帝得以由昆明经永昌撤退到腾越（云南腾冲），并由腾越逃到缅甸境内。至此，南明在实际上已经灭亡，永历*权在国境内失去了所有立足点（大顺*余部夔东十三家、郑成功福建势力范围除外）。此后李定国多次出兵入缅，想要接回永历帝，都不能如愿。
南明永历十五年、清顺治十八年（年）三月，缅甸发生内乱，王第莽白弑杀缅王莽达、自立为王。八月，莽白发动咒水之难，尽杀永历帝随侍官员护卫侍从，并将永历帝软禁。十二月，清*吴三桂部攻入缅甸索取永历帝。莽白迫于清*压力，将永历帝以及太后、皇后、皇太子等人全部交给清*。清*俘获永历帝全家后，退兵返回国内。
南明永历十六年、清康熙元年（年）三月十三，永历帝被清*押回昆明，四月十五，永历帝与其皇太子朱慈煊于昆明篦子坡遇害，时年四十岁。延平王郑经闻讯后在台湾追谥其为应天推道敏毅恭俭经文纬武礼仁克孝匡皇帝，上庙号昭宗。
永历帝的遇害，标志着大明皇统就此断绝，同时也标志着历时十七年的南明*权历史到此彻底结束。